Alteraciones del modo de representación
Mostrar como barras
Muestra la molécula como un alambre grueso (sticks)
Mostrar como esferas (usando el radio por defecto)
Muestra la molécula como resultado de la unión de esferas de átomos (spacefill)
Mostrar como esferas (usando radio = 0.75 Å)
Muestra la molécula como resultado de la unión de esferas atómicas de radio 0.75 Å (0.075 nm)
Mostrar la molécula como alambres
Muestra la molécula como un alambre metálico (wireframe). Es la manera de mostrar las moléculas por defecto.
Mostrar sólo el esqueleto (backbone)
Sólo muestra los enlaces principales de la molécula, sin representar los residuos laterales, usando el diámetro por defecto
Mostrar el esqueleto muy grueso (0.75 Å)
Sólo muestra el esqueleto de la molécula, pero con unos enlaces mucho más gruesos
Enmarcar en una caja roja
Muestra un prisma rectangular (que se ha coloreado de rojo para diferenciarlo del fondo blanco) encuadrando la molécula. Gira la molécula para observar mejor la apariencia tridimensional
Ocultar la caja enmarcadora
Oculta el prisma rectangular que encuadra la molécula
Mostrar como unos hilos paralelos
Elimina representaciones previas y muestra una proteína como unos hilos (strands) uniendo los enlaces amida. Si se representa un DNA, no se verõa nada. Observa que seleccionar una opción en el menú ya implica desactivar las que estén activas.
Mostrar como cintas o láminas
Se muestra una proteína como una cinta (Ribbons) en la que se distinguen fácilmente las hojas ß y la hélices a.
Mostrar como cintas 3D
La representación de cintas 3D (cartoons) es idéntica a la anterior (Ribbons) pero da una sensación más tridimensional. También se denomina "representación de Richardson (MolScript)"
Eliminar la punta de flecha en las hojas ß
Por defecto, las hojas ß se representan con una punta de flecha en el extremo carboxi. Para volverlas a mostar escribe en la línea de comandos "set cartoon on"
Cambiar el grosor de las cintas 3D a 1.0 Å
Cambiar el grosor de las cintas, manteniendo la diferencia entre lo que tiene estructura secundaria definida y lo que no
Mostrar toda la molécula como cintas 3D
Las cintas 3D pueden hacer cambiar el grosor de toda la molécula, no sólo de las estructuras secundarias
Mostrar como alambres eliminando el aspecto de cintas
Desactiva el modo de representación por cintas (strands) y activa el de alambres (wireframe)
Mostrar como superficie de puntos
Muestra la superficie de la molécula en forma de nube de puntos (dots) si se toman los radios de van de Waals
Ocultar la superficie de puntos
Desactiva la presencia de la nube de puntos sobre la molécula

Preguntas:

  1. ¿Qué radio es mayor, el de van der Waals o el de la temperatura anisotrópica?
  2. ¿Cómo conseguirías representar el modo "Ball & Sticks" sin usar el menú?
  3. ¿En qué se diferencia la representación "esqueleto" de la de "alambres" y la de "barras"?
  4. En la superficie de puntos, cuál es la diferencia entre representarla con los radios de Van der Waals y la accesibilidad del solvente?

Restablecer

Lecciones disponibles:

  1. Presentación
  2. Manejo del ratón y aparición del menú Chime
  3. Alteraciones del modo de representación (Display)
  4. Uso de los colores
  5. Seleccionar partes
  6. Puentes de hidrógeno y puentes disulfuro
  7. Giros y rotaciones
  8. Traslaciones, cambios de tamaño y centrado
  9. Abrir y cerrar ficheros de moléculas
  10. Guardar representaciones (scripts y gráficos)
  11. Efectos especiales de representación
  12. Generar superficies moleculares
  13. Distancias y ángulos