Modo experto en Protein Explorer (PE)

El modo experto puede seleccionarse como una preferencia. Las Preferencias se mnatienen entre sesiones. El enlace a Preferencias se encuentra debajo de la ventana de mensajes.
El modo experto puede forzarse también con el enlace que solicita a Protein Explorer usando el parámetro de búsqueda, "x=1".

Cuando el Modo Experto está desactivado, si se entran 10 comandos en la ventana de comandos, se abre una ventana informándole de la existencia del Modo Experto en preferencias.

El modo experto produce los siguientes efectos:

    Inicio

  1. Cuando el Modo Experto está seleccionado en Preferencias, la molécula no se visualiza inicialmente rotando, las moléculas de agua se ocultan, y los informes sobre los átomos contactados por click se abrevian a una sola línea. No obstante, todo esto también constituyen preferencias individuales, de forma que Ud. puede modificarlas como quiera mientras se mantiene en el Modo Experto.

  2. Una molécula puede cargarse de dos formas: (i) pre-especificada (en el enlace a PE o en la ventana de la página de inicio), o (ii) Iniciando Explorer o Comparator sin moléculas (directo), y a continuación usando la opción cargar molécula en el panel de control. Una vez que una molécula se ha cargado, si el Modo Experto está desactivado, PE automáticamente cambia el panel de control a Vista Inicial. Si el Modo Experto está activo, si la molécula estaba pre-especificada, PE se inicia en Caracteristicas de la molécula (en lugar de Vista Inicial). Si la molécula estaba cargada a partir del panel de cargar moléculas, en el Modo Experto o Comparator, hay enlaces a Vista Inicial y Vistas Rápidas, pero el panel de control inicial no cambia automáticamente.

  3. Cuando el Modo Experto está activo, y cuando el archivo PDB contiene un conjunto de dos o más modelos (e.g. de RMN):
    1. PE no muestra el mensaje de alerta avisando la existencia de múltiples modelos.
    2. la vista inicial muestra todos los modelos, en lugar de un único.
    3. Cuando se entra en Vistas Rápidas, aparece una alerta recordándole que los controles de Vistas Rápidas sólo mostrarán el primer modelo.

  4. Al empezar, la ventana de entrada de comandos está en blanco (en lugar del comentario "# Aquí puede teclear los Comandos"), y la ventana de mensajes estará vacía (en lugar de contener "VENTANA DE MENSAJES: Los mensajes aparecerán aquí, incluyendo la identidad de los átomos señalados con el ratón.").

    Botones de Conveniencia

  5. Cuando un archivo PDB contiene un conjunto de dos o más modelos (e.g. un resultado RMN), y cuando el Modo Experto está desactivado, la primera vez que se aprietan los botones [Agua] o [Ligando], aparece un mensaje de alerta avisando de que sólo se muestra el agua/ligando del primer modelo. En Modo Experto, se muestran todos los modelos, los botones agua/ligando son para todos los modelos, y los mensajes de alerta se suprimen.

  6. Apretando Salirse cierra PE de forma inmediata. Si el Modo Experto está inactivado, se solicita confirmación antes de cerrar la sesión.

    Paneles de Control

  7. Cuando el Modo Experto está desactivado, una vez se ha cargado una molécula el panel de control Cargar Molécula , PE automáticamente cambia el panel a Vista Inicial (salvo que esté en modo Comparator). Este cambio automático se suprime cuando el Modo Experto está activo, y aparecen enlaces a Explorer Avanzado y Vistas Rápidas. (Sólo aparece este último enlace cuando el Modo Experto está incativo.)

  8. La entrada en el panel "Animaciones y modelos de RMN" con el Modo Experto desactivado provoca que el programa ofrece mostrar todos los modelos coloreados como N->C arcoiris. En Modo Experto, ésta es la vista inicial de forma que no aparece el mensaje.

    Identificación de Átomos

  9. Haciendo click sobre un átomo identifica al átomo en la ventna de mensajes. Una preferencia "Explicar la identidad de los átomos marcados por click" controla si el mensaje básico de una línea se interpreta. Cuando el Modo Experto está inactivo, una vez por sesión se le avisa de que en algunos casos inusuales, la explicación puede ser incorrecta. Cuando el Modo Experto está activo, y las explicaciones están activas, el mensaje de aviso no se muestra.