Motivo
homeodominio

Ejemplo 1
Dímero de la proteína MAT alfa-2 de levadura, con dos homeodominios idénticos, unido a un fragmento de DNA de 21 pb.

Cada cadena se muestra en un color: las 2 hebras de DNA y
2 motivos en la proteína dimérica.

La estructura que es común con otras proteínas, y por ello se llama motivo, consta de:
1) un motivo de tipo hélice-giro-hélice que contacta con el surco mayor del DNA (dos tramos en alfa-hélice separados por un corto tramo sin estructura secundaria);
2) una tercera hélice, externa al DNA;
3) un tramo sin estructura secundaria definida que interacciona con el DNA en el surco menor.
Además, cada proteína en particular posee otras regiones que forman el resto de la molécula, no mostradas.

Vista axial:       Para verlo mejor:
1º) parar la rotación;    ¿cómo?
2º) pulsar aquí
Obsérvese cómo las dos hélices de reconocimiento encajan en posiciones sucesivas del surco mayor.
3º) antes de seguir, activar de nuevo la rotación    ¿cómo?

Modelo espacial compacto
Pulsa aquí  para destacar en color oscuro el péptido que contacta con el surco menor.

Otro ejemplo de proteína con dos motivos homeodominio
En este caso, un heteodímero formado por una subunidad de la proteína anterior MAT alfa-2 y otra de una proteína similar, MAT A-1.