Motivo
hélice-bucle-hélice

Ejemplo 1
Dímero de la proteína Max de ratón, con dos motivos hélice-bucle-hélice idénticos, unido a un fragmento de DNA de 22 pb.

Cada cadena se muestra en un color: las 2 hebras de DNA y
2 motivos en la proteína dimérica.

La estructura que es común con otras proteínas, y por ello se llama motivo, consta de:
1) un tramo en alfa-hélice, que encaja en el surco mayor del DNA e interacciona directamente con las bases nitrogenadas (equivalente a la "hélice de reconocimiento" del motivo hélice-giro-hélice);
2) un tramo de péptido sin estructura secundaria, más largo que en el motivo hélice-giro-hélice, llamado por ello un bucle, en inglés loop);
3) otra alfa-hélice que no interacciona con el DNA pero sí con la otra cadena proteica, estabilizando el dímero.
(Los colores son más oscuros para una de las dos subunidades proteicas).
Estos tres componentes dan nombre al motivo. Además de ellos, cada proteína en particular posee otras regiones que forman el resto de la molécula, no mostradas.

Modelo espacial compacto

Otro ejemplo de proteína con dos motivos hélice-bucle-hélice
USF, proteína humana ("factor estimulador de secuencia arriba"), unido al DNA.
Obsérvese cómo la posición y dimensiones del bucle y de la segunda hélice son diferentes al ejemplo anterior.