Visualización Molecular (aprende a usar RasMol)

Programas y ficheros necesarios para las prácticas y seminarios de Visualización Molecular

RasMol es un programa dirigido a aquellos que tengan interés en la biología estructural, desde profesores de secundaria hasta investigadores en estructuras cristalizadas. Se trata de un programa de representaciones moleculares que permite mostrar macromoléculas en tres dimensiones, de manera que cada átomo de la macromolécula está en su posición 3-D específica y unida a otros átomos mediante los enlaces covalentes apropiados. También interpreta los datos relacionados con la identidad de cada átomo, las estructuras secundarias, puentes de hidrógeno, puentes disulfuro, cadenas polipeptídicas, etc. Cada molécula puede cambiarse de tamaño o rotarse en las tres dimensiones mediante combinaciones simples de ratón y teclado. También presenta una serie de menús que permiten controlar la presentación de la macromolécula.

Son muchs los tipos de ficheros que es capaz de leer. El más habitula el es PDB (Protein Data Bank). Pero también es capaz de leer ficheros Mol2 y Mol (de MDL), XYZ, CHARMM, CIF y mmCIF. A su vez, es capaz de exportar las representaciones en formatos PostScript, GIF, PPM, BMP, o PICT que luego pueden ser utilizadas por otros programas para generar ilustraciones

Mediante un vocabulario de órdenes (comandos) se permite un control casi ilimitado en la forma de presentar la molécula. El único inconveniente es tener que aprenderse (o al menos que resulten familiares) estos comandos, que es lo que se pretende en esta práctica.

NOTA 1: hay una diferencia importante entre la versión mac y PC de RasMol: el PC utiliza el botón derecho del ratón, lo que no es posible con el mac que sólo tiene un botón. Esta falta se suple utilizando el teclado.
NOTA 2: El modo más seguro de utilizar el programa es colocar los ficheros PDB y los script necesarios en el mismo directorio que el programa. Esto se debe a que el programa utiliza unas rutas de acceso absolutas, por lo que si se mueven, los script que se han guardado no funcionarán.
NOTA 3: puesto que RasMol es un programa desarrollado gracias al esfuerzo de la comunidad científica (su código es abierto), no existe una página oficial de soporte técnico. En cambio, y por la misma razón, existe una lista de correo donde se pueden hacer las consultas necesarias.

Se pueden emplear varios guiones distintos para realizar esta práctica:

1. La guía sobre RasMol traducida al español
2. El artículo en formato PDF sobre el uso de RasMol para analizar la estructura de la lisozima.
3. El documento PDF que has de imprimir para aprender a usar RasMol y responder las preguntas que en él se incluyen
4. Los dos capítulos sobre visualización molecular que aparecen en el libro "Bioquímica Aplicada: Manual para el diseño experimental y el análisis de datos".

En esta página se pueden encontrar los documentos y programas necesarios para realizar los dos guiones anteriores.

	Para Macintosh	Para Windows 9x/Me/NT
RasMol	RasMac 2.5 traducida al español, para todo tipo de macintosh RasMac 2.6 en inglés para todo tipo de mac. Se incluye la versión 2.7 optimizada para los PowerMac (PPC). Contiene el manual de instrucciones en inglés.	RasWin 2.7.1. Contiene el manual de intrucciones en inglés.
Secuencias	Ficheros de secuencias y estructuras en formato PDB necesarios para visualizar las estructuras.	Ficheros de secuencias y estructuras en formato PDB necesarios para visualizar las estructuras.
	Para descomprimir estos archivos basta tener configurado el navegador para que descomprima los documentos con Stuffit Expander.	Para descomprimir estos archivos basta tener configurado el navegador para que descomprima los documentos con WinZip o GunZip.

Otros enlaces relacionados

Historia de la visualización molecular por Eric Martz y Eric Francoeur

Un artículo donde se describen las últimas innovaciones de RasMol.

El sitio original donde va apareciendo información sobre las últimas novedades de RasMol

La excepción que confirma la regla está en RasMol v2.71 que es la última y está en otro portal de internet distinto.

El manual de RasMol v2.6 así como el manual de RasMol v2.7 en español (traducidos por J.M. Fernández de la Universidad de Granada). Seguro que te interesan. También puedes encontrar el manual de RasMol v2.6 (en inglés) que se puede consultar directamente en la web.

La evolución de RasMol para la web es Chime. Lo únco que necesitas para obtenerlo es registrarte.

También puedes consultar todas las ayudas para usar Chime que están disponibles en el portal de RasMol

Si quieres hacer tus propios script de RasMol y Chime, aquí tienes las instrucciones gentilmente traducidas también por J.M. Fernández.

Aunque puedes consultar el sitio original de los ficheros PDB, es preferible que uses los que vienen en este CD.

Otra manera de visualizar las moléculas es utilizar Swiss-PdbViewer elaborado por Glaxo Wellcome. Aunque las nuevas versiones lo denominan Deep View.

VMD es un programa gratuito más completo y complejo que no solamente permite visualizar estructuras sino que también sirve para mostrar, animar y analizar en 3D biomoléculas enormes.

Puedes encontrar más software para manejo y visualización de estructuras tridimensionales en http://www.rcsb.org/pdb/software-list.html y en nuestro CD.