Genómica estructural

La cristalografía no puede resolver un gran porcentaje de las estructuras de las proteínas en los años inmediatos.

Genómica estructural es una iniciativa para resolver un gran porcentaje mediante modelaje por homología. Existen actualmente 9 centros/consorcios de genómica estructural en USA financiados por los NIH, además de los proyectos comerciales y centros de otros países, hasta un total de >20 (>70 instituciones).

Genómica estructural
  1. Identificar para las cuales no existe un modelo experimental
  2. Escoger algunos miembros de cada familia como "objetivos".
    1. El Protein Data Bank mantiene un registro de objetivos.
    2. En febrero de 2004, se había registrado aproximadamente 50.000 objetivos (75% en el año anterior: Gráfica).
  3. Resolver un objetivo para cada familia mediante cristalografía de alta resolución, proporcionando un nuevo modelo.
    1. Este es el cuello de botella (Graph).
    2. Inferir la función a partir de estructuras similares de función conocida, para confirmarlo bioquímicamente (Zhang & Kim).
  4. Realizar modelaje por homología a todos los miembros de cada familia, utilizando los nuevos modelos.

Se estima que (Vitkup et al.), para obtener modelos del 90% de las proteínas deberían resolverse 16,000 nuevas estructuras con secuencias no relacionadas. Esto consitutye aproximadamente 3 veces la producción mundial cristalográfica hasta la fecha. Aproximadamente un 3% de este objetivo se ha conseguido.

Por Eric Martz, University of Massachusetts, Julio 2003 (actualizado a febrero 2004)

lecturas adicionales: