Una versión "Alfa" significa que

• Algunos archivos de ayuda no se han actualizado de forma que se ajusten a las nuevas capacidades.
• Probablemente encontrará más fallos que en una versión "Beta".
• Algunas capacidades puede que no funcionen o estén desactivadas, por ejemplo Protein Comparator.
• Las limitaciones de "Alfa" pueden evitarse usando la versión beta más reciente en proteinexplorer.org.

• Características de la molécula: Entre vista inicial y vistas rápidas hay un panel nuevo de control llamado Características de la molécula que muestra información del encabezamiento del archivo PDB. Si quiere hacerse una idea, vea este enlace Pinceladas de Características de la Molécula.
  Excepto para el inicio rápido de moléculas en la página inicial de PE, Características de la molécula funciona únicamente en Netscape 4, no en Internet Explorer. (Explicación técnica.)
• El enlace "Ventana de información de la molécula" ha desaparecido, siendo reemplazado por Características de la molécula (información dentro del archivo PDB), más una "Ventana de recursos externos" que contiene algunos enlaces a recursos externos previamente situados en "Información sobre la molécula".
• Mapa Guía de PE: Todos los paneles de control poseen actualmente un enlace a un nuevo Mapa Guía. Es una ventana que se despliega y contiene todos los paneles de control de PE, de forma que puede saltar a cualquier sitio esté donde esté. También posee enlaces a Secuencias, Seq3D, y recursos externos.