La estabilidad de la molácula de RNA aumenta mucho si, de forma similar a como ocurre con el DNA, las bases hidrofóbicas pueden ocultarse del medio acuoso. Esto puede ocurrir mediante formación de puentes de hidrógeno entre bases complementarias aunque, a diferencia del DNA, ambas bases pertenecen a la misma cadena de RNA.
Es decir, la cadena se pliega sobre sí misma en zonas donde las secuencias son parcialmente complementarias, formando tramos cortos de doble hélice:
Aquí vemos, como ejemplo, la estructura del RNA ribosómico 5S de Xenopus laevis (formado por 128 nucleótidos). Otros RNAs son mucho mayores y adoptan estructuras más complejas.

En el caso de rRNAs y tRNAs, es común que gran parte de la molécula presente secuencias complementarias que permiten este tipo de plegamiento.

Modelo espacial compacto.

Esqueleto (hidrofílico, polar) y bases (hidrofóbico, apolar).

Se puede ver cómo algunas bases, al no tener una base complementaria enfrente, se vuelven hacia el exterior de la molécula.

Veamos más de cerca uno de los bucles o puntos donde la cadena vuelve sobre sí misma, el extremo de un tramo en doble hélice:
1º) parar la rotación;
2º) ir pulsando sucesivamente los botones siguientes

3º) reanudar la rotación. Obsérvense los pares de bases (enfrentadas en el mismo plano) y las bases del bucle, no apareadas.