La zona de contacto entre el DNA y la subunidad B aumentada refleja cómo es el reconocimiento específico entre ambas moléculas. Recuerda que las esferas punteadas sobre esferitas sólidas son los átomos de la proteína que contactan con los átomos de DNA. Las esferas sólidas de color ditinto a amarillo o verde son los átomos de DNA que contactan con la proteína. Los átomos de Zn están rodeados de una estructura de hélice alfa y coordinados por 6 Cys. Puedes recordarlo consultando el apartado 4 de esta guía.

El contacto de Gal4p con el DNA se establece a través de residuos cargados positivamente: Lys17, Lys18 y Arg15, todos ellos localizados sobre la hélice de reconocimiento. Estos aminoácidos contactan con la secuencia CGG en en DNA a través del surco mayor. Tanto la Arg15 como la Lys17 realizan contactos menos específicos de secuencia.

Otros contactos estabilizadores de la interacción se establecen a través del N de la Lys20 y de la Gln9.

El último anclaje entre el DNA y la proteína no es específico de secuencia. Se produce a través de la Arg51 y la Thr50 en cada una de las moléculas con los fosfatos de un nucleótido de T y otro de G, respectivamente . La Arg51 se encuentra en el comienzo del dominio de dimerización de Gal4p .

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