Anotación de las Observaciones realizadas sobre la estructura 3D macromolecular
para Protein Explorer (Formulario de nivel avanzado )
by Eric Martz, May 2000 (revised August 2000)     PDF avanzado     Formulario de nivel básico
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El desarrollo de Protein Explorer está financiado por la National Science Foundation. 

Su nombre _______________________________________  PDB ID Code ________

Nombre de la molécula ______________________________________________________

Resolución _________   Rlibre ______   Fecha de depósito en PDB ____________

Autores _______________________________________________________________

EXPDTA __________   Organismo __________________________________________
  1. ¿Cuántas cadenas tiene la molécula?
    Cadena
    Nombre*
    ¿Es proteína, DNA, o RNA?
    ¿Puentes disulfuro?
    ¿Cisteínas fuera de puentes disulfuro?
    ¿Hélices alfa? ***
    ¿Hojas plegadas beta?
    ¿Paralelas o antiparalelas? ***
     
         		  
         		  
         		  
         		  
     
     
         		        
     
         		        
     
         		        
     
         		        
     
         		        

    Cadena
    Nombre*
    ¿Número de residuos? **
    ¿naturaleza de los Gaps o Inserciones
    (si existen)?
    ¿Número de interacciones cation-pi?
    (¿Alguna entre cadenas?)
    ¿Número de puentes salinos?
    (¿alguno entre cadenas?)
     
         		  
         		  
         		  
         		  
     
     
         		        
     
         		        
     
         		        
     
         		        
     
         		        

    *Truco: haga click sobre la cadena y vea el "nombre" en código de una letra en la ventana de mensajes.
    **Truco: utilice la Visualización Secuencias (haga click sobre el Mapa Guía de PE). Compare con SEQRES en el encabezamiento del archivo PDB.
    ***Truco: en Vistas Rápidas, VISIÓN Cinta 3D, COLOR estructura.

     

  2. ¿La estructura en 3D representa el temaño completo de la proteína tal como aparece en la naturaleza? (Truco: haga click en Mapa Guía de PE, y vaya a recursos externos encabezamiento del archivo;y RCSB Structure Explorer, donde puede encontrar otras fuentes.

     

  3. ¿Hay agua presente? ¿Qué porcentaje del agua presente en el cristal es visible?

     

  4. ¿hay ligandos unidos presentes (átomos "hetero" no-solventes)? Si existen, ¿Se mantienen unidos por enlaces covalentes o no-covalentes? ¿a qué tipo de residuos? (truco: SELECCIÓN Ligando, VISIÓN Contactos. Haga click sobre los átomos unidos para identificar los residuos.)

     

     

     

  5. En las proteínas solubles, los residuos hidrofóbicos se ocultan en los núcleos interiores de los dominios. Segementos grandes de residuos hidrofóbicos en las superfícies puede que sean lugares de interacción proteína-proteína. ¿Dónde ve concentración de residuos hidrofóbicos? (Truco: VISIÓN Esferas, COLOR Polaridad3.)

     

     

     

  6. Si existe una proteína unida a un ácido nucleico, ¿qué nucleótidos son reconocidos de forma específica? ¿Cuáles se unen de forma no específica al esqueleto? (Truco: SELECCIÓN: Proteína, VISIÓN Contactos, haga click sobre los átomos para identificar los residuos.)

     

     

     

  7. ¿Existen átomos de hidrógeno prsentes? Si existen, ¿Se encuentran todos los hidrógenos presentes, o solamente una parte? (Truco: en Vista Preliminar, haga click sobre el agua, y a continuación sobr el enlace "más sobre el hidrógeno".)

     

     

  8. ¿Cuántos modelos hay presentes, y ¿por qué?

     

     

  9. ¿Qué otra proteína posee más similitud estructural respecto a la suya, sin acudir a las similitudes de secuencia? Pruebe http://cl.sdsc.edu/ce/all-to-all/all-to-all.html. Si encuentra una de interés, márquela, haga click en el botón [Get Alignment]. haga click en "Download Alignment as a PDB File2. Utilice Archivo Netscape, guardar como y nombre el archivo aligned.pdb. Entre Protein Explorer "directo" o utilice el enlace cargar una "Molécula diferente" y busque hasta cargar aligned.pdb. Para ver ambas moléculas deberá ir a Explorer Avanzado, Modelos RMN , y acepte la oferta de colorear segun arcoiris N->C.

     

     

     

  10. Validar? (PDBREPORT http://www.cmbi.kun.nl/gv/pdbreport)

     

     

     

     

     

  11. ¿Comentarios/características especiales?