Este repaso puede realizarse en un tiempo que oscila entre una y dos horas, dependiendo de la facilidad que Ud tenga para moverse en este entorno.  Imprima este documento para su utilización como referencia. El objetivo de este Repaso Rápido es organizarle la Introducción a Protein Explorer. Encontrará instrucciones y enlaces a páginas de ayuda extensas en Protein Explorer. Es importante que dedique un tiempo a leer esta información ofrecida dentro de Protein Explorer, porque no se repetirá más adelante en este documento de Repaso Rápido.

1. Si no ha abierto Protein Explorer, inicie Netscape, y conecte con www.proteinexplorer.org.
(Protein Explorer requiere Netscape 4, con el programa de estructura química Chime 2 instalado en su ordenador. Si su navegador no es compatible, Protein Explorer le informará sobre cómo hacerlo compatible. Este programa no funcionará en Internet Explorer ni en Netscape 6.)
2. Lo primero que aparece es la página inicial o de acceso. En ella, haga click en el enlace grande Inicio Fácil a Protein Explorer.
Este enlace carga el dominio de unión al DNA, correspondiente a la proteína reguladora de la transcripción Gal4, unida al DNA. Si la molécula no aparece, mire el enlace Ayuda para resolver problemas en la página  de inicio. Si está utilizando un ordenador  Macintosh, intente las etapas D y E5 en la guía de problemas.

Para poder mostrar la visión en 3D de una molécula o estructura, Protein Explorer necesita un archivo de datos donde se especifiquen las posiciones de todos los átomos, denominado fichero de coordenadas o fichero PDB. Se pueden obtener todas las estructuras de macromoléculas publicadas conectando con Protein Data Bank (PDB). (Una secuencia de aminoácidos sola no puede utilizarse para ver una estructura 3D en Protein Explorer). Cada archivo PDB posee un código único de identificación formado por 4 caracteres. El código para el complejo Gal4:DNA es 1d66.

3. Una vez iniciada la sesión en Protein Explorer, debe verse la molécula, junto con la página descrita como Vista Preliminar. Dedique un tiempo para digerir la información de esta página -- ¡es importante!
En este momento puede ignorar la ventana marcada como "Entre los comandos aquí" -- Se trata de una herramienta para usuarios expertos . Protein Explorer puede utilizarse de forma muy eficiente sin introducir comandos en esta ventana.Si Ud está familiarizado con los comandos Rasmol, puede usarlos aquí, pero no es necesario. Mire también la nota debado de la etapa 8 abajo. 
• En la parte inferior de la página Vista Preliminar hay un enlace a Formulario de registro y Observaciones. Si dispone de 2 o más horas para su Vista Rápida, puede que le sea útil imprimir el formulario y anotar sus observaciones. Si quiere completar su Repaso Rápido en una hora o menos, es recomendable no utilizarlo.
• Cuando haya finalizado la página Vista Preliminar, ya debería saber cuántas cadenas de proteína hay en la molécula, cuántas de ácido nucleico, qué ligandos están presentes, si hay moléculas de agua y si existen puentes disulfuro.
4. Cuando haya finalizado la Vista preliminar, haga click en el enlace inferior "Explore Más con  Características de la molécula". Dedique unos minutos a explorar la página Características de la Molécula. En la parte superior encontrará información importante sobre la estructura suministrada por los autores. En la parte inferior encontrará enlaces que muestran ligandos o residuos importantes reseñados por los  autores. En el caso de 1d66, únicamente se señalan los iones de cadmio. Haga clcik en el enlace CD, acepte el ofrecimiento para simplificar la imagen, y los iones Cd destellarán.
5. En el centro del panel de Características de la molécula  encontrará un conjunto de botones grises. Pruebe Rotar, Zoom+, -, Fondo, Agua, y Ligando  (guarde las otras opciones para más tarde). Pruebe estos botones varias veces. Estos botones   se encuentran en todas las páginas después de Vista preliminar.
6. Una vez finalizado el paseo por Características de la molécula, haga click en  Vistas Rápidas, un sistema de 3 menús. Vistas Rápidas constituye el núcleo básico del potencial de Protein Explorer como un programa fácil de usar. Intente aquí cualquier cosa que pueda interesarle. En los siguientes apartados del Repaso Rápido le introduciremos en las posibilidades más importantes (no todas) que le ofrece Repaso Rápido.
7.    Nota sólo para los que usan  RasMol : Protein Explorer está diseñado para realizar la mayor parte de las tareas de visualización de forma rápida y eficiente a partir de los menús, botones y ventanas de Vistas Rápidas sin necesidad de aprender ni un solo comando de RasMol . Si bien puede entrar los comandos  RasMol en  Protein Explorer, perderá la mayor parte de los beneficios de este programa a menos que empiece aprendiendo el uso de los menús de Vistas Rápidas.  Una vez que esté familiarizado con estos menús, de forma ocasional puede obtener cosas de forma más fácil entrando los comandos RasMol  -- pero sólo de forma ocasional!
8. Extremos Amino y Carboxi. En Vistas Rápidas, las selecciones en los menús VISUALIZACIÓN y COLOR siempre operan sobre los átomos seleccionados. Abra el menú SELECCIÓN, y haga click en "Todos". Observe el recuento de átomos seleccionados debajo de la molécula. Ahora haga SELECCIÓN:Cadenas, COLOR: N->C Arcoiris. ¿Qué extremo de la cadena de proteína se sintetiza primero?
La proteína Gal4 entera contiene 881 residuos. Sólo se cristalizaron los primeros 65 residuos del extremo amino terminal en 1d66.
9. Estructura Secundaria.   Si aprieta el botón marcado como 2^o (a la derecha del botón ligando). Esta imagen la verá mejor con el fondo negro, por tanto apriete el botón de la opción fondo  hasta que el fondo aparezca negro. En 1d66, fíjese que las hélices alfa más largas son paralelas.
Observe que cada operación en Vistas Rápidas automáticamente despliega una ayuda detallada en la ventana central. Es importante que mire esta ayuda ya que no se repetirá aquí.
10. Pruebe los Botones de la fila superior Giro, Zoom, Fondo 'Bkg', Agua, y ligando. Estos botones son todos teclas (excepto para el Zoom+ y -) de forma que es necesario hacer click dos veces sobre cada uno de ellos para apreciar lo que hacen. Se trata de atajos para operaciones que se realizan con frecuencia; se encuentran asequibles en todas las páginas de Protein Explorer (excepto en Vista Preliminar).
11. Distribución de residuos hidrofóbicos. Con Proteína seleccionada, PRESENTACIÓN: Esferas, COLOR:Polaridad2. Esta opción es más fácil de ver con fondo de pantalla negro (haga click en el Botón 'Bkg'). Observe en 1d66 una fila hidrofóbica de átomos en la que las dos alfa-hélices más largas están en contacto una con otra. Podemos verlo más claramente utilizando el botón 'Sección'. ¿Por qué las cadenas laterales hidrofóbicas se agrupan en esta región?
La presencia de grandes porciones hidrofóbicas en la superficie de una proteína (no observable en 1d66) puede indicar áreas de contacto proteína-proteína, o bien en casos extremos, que la proteína se ubica en un medio hidrofóbico, por ejemplo una bicapa lipídica. Un ejemplo de esto último es el canal de potasio 1bl8.
12. Carga Neta. COLOR:Polaridad5. ¿Cuál cree que es la carga neta de la proteína 1d66? ¿De qué forma explica la función de Gal4?
13. Contactos con el ligando. Selección: ligando, Visualización: contactos. En el caso de1d66, verá 2 pares de átomos de cadmio, rodeados por sus contactos, suprimiéndose la visión del resto de la molécula.


14. Centrar. Haga click en el Botón "Centrar", y apriete la opción OK en la ventana flotante de interrogación. Haga Click sobre alguno de los átomos amarillos. El átomo se moverá al centro de la pantalla. Haga Click en Zoom+ repetidamente hasta que vea la estructura centrada con claridad.
15. En la parte inferior de Vistas Rápidas, haga click sobre Más allá de Vistas Rápidas: Mapa Guía de PE . La ventana de Mapa Guía que se abre muestra todos los paneles de control presentes en  PE. Puede ver lo que ha visto y lo que le falta por ver. Este Mapa Guía le permite saltar a cualquier partel. Se encuentra en todas las páginas.
16. En la parte superior del Mapa Guía de PE se encuentra un enlace importante a Ayuda, Índice & Glosario. Se trata del mejor sitio al que acudir cuando tenga dudas o desee preguntar algo, por ejemplo cómo hacer algo nuevo, o dónde se encuentra algo, o si desea definiciones de términos. Este es el sitio donde encontrará respuesta a FAQ (preguntas frecuentes). El Índice/Glosario se encuentra siempre asequible haciendo click sobre el ´circulo verde de interrogación en la parte superior de todas las páginas control de PE. Todos los enlaces verdes en PE le llevan a Ayuda, Índice& Glosario.
Por ejemplo, haga click sobre L y lea las Limitaciones de PE.
17. A partir del Mapa Guía de PE, abra Secuencias. Busque la cadena A de 1d66, y toque los residuos en la secuencia en código de una letra. Observe que las abreviaturas de 3 letras para los aminoácidos y los números de secuencia aparecen en la ventana blanca en la parte central de la ventana a medida que Ud toca el código de una letra.
Existen muchas opciones en la visualización Secuencias, y por ahora podemos olvidarnos de la mayoría. Los aspectos más importantes a destacar son gaps y cadenas idénticas.

Para 1d66, observe que la cadena de proteína B es idéntica a la cadena A. Las cadenas de DNA también poseen secuencias idénticas. No obstante, cada autor nombra las cadenas de DNA de forma diferente, y PE no puede distinguir si son idénticas o no.
 

• Utilización de los Controles de Contactos. El ligando (1d66: un par de átomos de cadmio) se representa por su superficie de Van der Waals. Oculte la superficie y haga click en el botón "Ligandos" de forma que los átomos del ligando se muestren como esferas.
Consejo: Si la ayuda de Contactos no es visible, haga click en "Restablecer Ayuda de Contactos y Controles". En la ayuda de Contactos, baje hasta encontrar la opción "Superficie: Transparente, Oculta, Sólida", y haga click en Ocultar. Ahora haga click en el Botón de "Ligando" hasta que los átomos del ligando aparezcan como bolas. Para mostrar el ligando como bolas y bastones, haga click en "Átomos dentro +fuera de la superficie: 7 Å". (Esta opción también muestra los enlaces covalentes, si existen, entre los átomos dentro y fuera de la superficie)
1d66: ¿Qué elemento químico representan las bolas amarillas?
Consejo 1: Si la ayuda de Contactos no es visible, haga click en "Restablecer Ayuda de Contactos y Controles". En la ayuda de Contactos, baje hasta encontrar el enlace "bolas y bastones", que están "coloreados según el elemento químico", y haga click. Haga click en Retroceder en la parte inferior para regresar a la ayuda de Contactos.
Consejo 2: Haga click sobre una bola amarilla y observe cómo se identifica en la ventana de mensajes (inferior izquierda).
1d66: ¿Qué elemento forma una jaula alrededor del cadmio? ¿Cuántos átomos de este elemento están unidos al par de iones de Cd ?
• Contactos: Bolas frente a Bastones. Si la ayuda de Contactos no está visible, haga click en "Restablecer ayuda de Contactos y Controles". ¿Por qué algunos átomos fuera de la superficie se muestran como bolas, mientras otros átomos próximos se muestran como bastones? (Podemos mostrar la superficie otra vez haciendo click en "Superficie: Sólida" en el marco de ayuda de Contactos)
• Situar los Contactos en el Contexto de la molécula. Si la ayuda de Contactos no es visible, haga click en "Restablecer ayuda de Contactos y Controles". Haga click en "Esqueleto: Mostrar". Con ello se seleccionan todos los carbonos alfa de los aminoácidos y todos los átomos de fósforo de los nucleótidos (1d66: 150 átomos). Haga click en el botón "Centrar", y a continuación otro click en Cancelar (Para centrar todos los átomos seleccionados). Haga Zoom a un tamaño menor de forma que pueda ver los ligandos y sus contactos en el contexto global de la estructura.
• DNA fernte a RNA. Haga click en Vista preliminar: Reiniciar Vista. Cuando la pantalla de Vista Preliminar se reestablezca, haga click en ¡explorar Más! para volver a Vistas Rápidas. SELECCIÓN: Nucleico. (Si no se selecciona ningún átomo, puede saltarse esta etapa). En el marco de ayuda, haga click en el enlace distinguir DNA de RNA. ¿Qué representan las bolas grises? ¿Hay alguna ribosa presente?

Para encontrar y mostrar su molécula, vaya a www.pdblite.org. Cuando haya restringido su búsqueda a una molécula, haga click en el enlace Protein Explorer en la sección "View in 3D".
Si necesita una herramienta de búsqueda más avanzada, pruebe SearchFields en Protein Data Bank, www.rcsb.org. Existen recursos adicionales para encontrar moléculas, cadenas de moléculas, o agrupaciones moleculares en la página inicial de Protein Explorer.

Protein Explorer contiene un extenso Manual que cubre muchos aspectos que no se han mencionado en este Repaso Rápido