Protein Explorer no sería posible sin la existencia de MDL Chime (vea Agradecimientos).

Protein Explorer 2.2 Alfa y versiones posteriores requieren MDL Chime 2.6 SP4 o posterior (Windows), o 2.6 SP3 o posterior (Macintosh). Estos requerimientos se deben a nuevas capacidades y al arreglo de fallos por parte de estas nuevas versiones (vea Historia de las versiones de MDL Chime).

Los planes a largo plazo consisten en reemplazar Chime por Jmol, de forma que puedan aceptarse un mayor número de plataformas y buscadores.