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Cómo visualizar si una brecha es física o no: En la pantalla de Seq3D, seleccione "Escrutar intervalo". El esquema de colores "CPK, carbonos alfa verdes" funciona bien para proteínas, así como "bolas y bastones". Haga click sobre los residuos que flanquean la brecha ('gap'). (Si la zona resaltada desaparece al rotar, disminuya el zoom.) Existe más información sobre este problema.)

1. Un desorden que conduzca a una resolución inadecuada en el mapa de densidad electrónica puede impedir la asignación de posiciones para algunos residuos que están presentes en la estructura. Si es suficientemente grande, la brecha ('gap') será visible en el trazado del esqueleto al visualizarlo. (Este tipo de brecha ocurre únicamente en los resultados obtenidos por difracción de rayos X; los estudios con RMN típicamente muestran modelos con todos los residuos.)
   Un ejemplo es 1fod en donde aparece una brecha de 24 residuos en la cadena 4.
    
   Los extremos de las cadenas pueden encontrarse desordenados en los cristales, de forma que es frecuente que los primeros y los últimos residuos no se vean en la estructura 3D de la cadena. Cuando una cadena se numera en relación a la secuencia de la cadena completa, y faltan los primeros residuos, Protein Explorer mostrará una brecha inicial como un conjunto de puntos (.....). Pueden verse ejemplos en las cadenas 2 y 4 de 1fod. Protein Explorer no mostrará las brechas en el extremo debido a limitaciones en el mecanismo de presentación de secuencias de Chime. Compare los registros SEQRES en el encabezamiento del archivo PDB con la secuencia contenida en Sequences de Protein Explorer para averiguar si el extremo final estaba desordenado y sin resolver.

2. Numerar la secuencia para alinearla con una secuencia de referencia puede requerir brechas. En tal caso, el trazado del esqueleto visualizado no tendrá brechas físicas.
   Un ejemplo es la cadena B de 1igt, que contiene 23 gaps debido al alineamiento con la secuencia de referencia. No contiene brechas físicas.

   Los residuos atípicos producen brechas aparentes en la pantalla que muestra la secuencia en Protein Explorer. Cualquier residuo diferente de los 20 aminoácidos estándar es considerado como átomos "hetero". Chime no muestra átomos "hetero" en la orden "show sequence" que es utilizada por Protein Explorer para construir la visualización de la secuencia. En consecuencia, la secuencia mostrada por Protein Explorer mostrará brechas donde haya residuos hetero .

   Un único residuo hetero generalmente no producirá una brecha en la visualización del esqueleto, pero la posición de su carbono alfa no ocupará espacio en el trazado del esqueleto ya que las posiciones sólo se asignan a residuos no-hetero.

   Un ejemplo es el residuo 5 en la cadena B de 1b07. Puesto que Protein Explorer muestra los átomos hetero como esferas en la Vista preliminar, este residuo se destaca en la visión inicial 3D. En una visión diferente (por ejemplo si la molécula entera se muestra como bastones) puede utilizar la pantalla Seq3D para destacar los residuos que flanquean (4 y 6), de forma que pueda ver el residuo 5 presente en la estructura 3D; si hace click sobre él verá su identificación como PSG confirmando que se le designa como "hetero".

   Otro ejemplo es 2soc, un octapéptido que contiene tres residuos atípicos "hetero". Utilice el método "Cómo visualizar" descrito más arriba. Nótese que la parte media del trazado del esqueleto sobrepasa el carbono alfa del residuo 4, y que el trazado no se extiende hasta los residuos primero y último.

Varios residuos a los que se asigna el mismo número de secuencia.

1. Si la numeración de la secuencia se ha hecho alineándola con una secuencia de referencia y algunos residuos no se encuentran en la secuencia de referencia, pueden ser considerados como residuos "insertados" y otorgarles el mismo número de secuencia. Un ejemplo es 1igt, que contiene tres de tales fragmentos.
2. En algunos casos la proteína puede haber sido heterogénea, conteniendo residuos alternativos en una o más posiciones. Dado que las alternativas ocurren en la misma posición, se les otorga el mismo número de secuencia.
   1CBN posee dos fragmentos de secuencia con microheterogeneidad anotados en REMARK 4 (gracias a Torsten Schwede).