Como ya se vió en el capítulo dedicado a los amortiguadores, los AA son excelentes amortiguadores, gracias a la capacidad de disociación del grupo carboxilo, del grupo amino y de otros grupos ionizables de sus cadenas laterales (carboxilo, amino, imidazol, fenol, guanidino, etc).

Equilibrios de ionización de los grupos ionizables de un AA			Valores de pKa de los aminoácidos

Los grupos ácido-base débiles presentan una capacidad tamponadora máxima en la zona próxima al pK_a. La tabla de la derecha muestra los pK_a de los 20 AA proteicos. Hay que destacar el hecho de que estos valores de pK_a calculados para los AA en disolución pueden verse ligeramente modificados en el entorno proteico. Se observa que el único grupo lateral con un pK_a próximo al pH fisiológico es la cadena lateral de la histidina. Por ello, las proteínas ricas en este AA se comportarán como excelentes amortiguadores fisiológicos.

El comportamiento ácido-base de los AA es el que va a determinar las propiedades electrolíticas de las proteínas, y de ellas dependen, en gran medida, sus propiedades biológicas. En el modelo de interacción proteína-ligando, la carga eléctrica de una y otro juegan un papel fundamental. Por este motivo, la función de las proteínas es extraordinariamente sensible al pH:

• A pH bajo, la mayor parte de los grupos disociables estarán protonados, y por lo tanto habrá un gran número de cargas positivas en la proteína
  
  
• A pH elevado, los grupos disociables no estarán protonados, con lo cual habrá mayor número de cargas negativas

Cambios en el pH se traducen en cambios en el número de cargas de la proteína, y estos cambios pueden inhibir la interacción de la proteína con un ligando determinado. Por este motivo, muchas proteínas (enzimas, sobre todo) sólo pueden funcionar en un margen relativamente estrecho de pH. Aquí radica la importancia del mantenimiento de valores contantes de pH en el medio interno del organismo (Para activar la animación de la Figura de la derecha hay que pulsar la opción "Recargar" del navegador).