Vemos aquí el tRNA^Gln unido a la glutaminil-tRNA sintetasa (específica para él)
(este modelo contiene sólo el esqueleto de ambas cadenas, es decir, los átomos de fósforo del RNA y los carbonos alfa de la proteína; puede verse esto cambiando la representación a Display | Spacefill ).

Obsérvese cómo la sintetasa contacta especialmente con el extremo 3' del tRNA (donde se une el aminoácido) y con el lazo del anticodón. Esto permite a la enzima reconocer únicamente un aminoácido y un tRNA, estableciendo así la especificidad aminoácido-anticodón. Se dice por ello que las aminoacil-tRNA sintetasas son "el segundo código genético".

Otro ejemplo: en este caso, el tRNA^Asp unido a su correspondiente aspartil-tRNA sintetasa.
(Este modelo sí incluye todos los átomos, por eso es más lento)

Hélices alfa
Hojas beta
Zonas sin estructura secundaria regular

Modelo espacial compacto.