El DNA, repelido por la carga negativa del electrodo, avanza a través del gel hacia el otro extremo. Las cadenas cortas de DNA se mueven a través de los agujeros del gel más rápidamente que las cadenas largas. Al pasar el tiempo, las cadenas más cortas migrarán más lejos del punto de partida que las cadenas más largas. En realidad, no podemos ver las bandas de DNa que migran (en gris), pero sí podemos ver el colorante azul, que contenía el tampón de carga, según va migrando.
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