Las tres formas de un plásmido no cortado, todas del mismo tamaño (nº de pb) y masa molecular, no se comportan del mismo modo durante la electroforesis. Debido a que las moléculas SUPERENROLLADAS son más compactas, se mueven con más facilidad a través del gel, y las encontramos más lejos del punto de origen, el pocillo.

    Las moléculas CIRCULARES RELAJADAS y las moléculas LINEALES DE LONGITUD COMPLETA avanzan habitualmente muy próximas entre sí, y no siempre se resuelven (se separan entre sí). Cuando lo hacen, cualquiera de ellas puede avanzar más, dependiendo de si el gel se corre en presencia de bromuro de etidio o no.