Durante la extracción, la preparación y la conservación del DNA plasmídico, tienen lugar algunos cortes en una sola hebra, o mellas, de las moléculas SUPERENROLLADAS. El plásmido se desenrolla inmediatamente, dando la forma  CIRCULAR RELAJADA, debido a la tensión acumulada en los superenrollamientos. El DNA purificado no se puede superenrollar de nuevo debido a que no hay enzimas presentes.

    El corte en las dos hebras de alguna molécula de plásmido conduce a moléculas LINEALES DE LONGITUD COMPLETA.

    Las tres formas, superenrollada, relajada y lineal, tienen el mismo tamaño (nº de pb) y la misma masa molecular.