A la derecha vemos un tetrapéptido sobre el cual vamos a analizar la estructura del enlace peptídico.
Este péptido está formado por los siguientes aminoácidos (pulsa un botón para resaltar cada aminoácido):
El enlace peptídico entre estos dos aminoácidos se forma entre el grupo carboxilo de la alanina y el animo de la isoleucina.
Este enlace tiene un caracter parcial de doble enlace por lo que no presenta rotación libre. Los átomos que forman este enlace así como los átomos unidos a estos forman el llamado grupo peptídico.
El grupo peptídico está formado por el carbono del grupo carbonilo, el oxígeno del carbonilo, el nitrógeno del grupo amino, el hidrógeno del grupo amino y los dos carbonos alfa de los aminoácidos que forman el enlace peptídico.
Dado el carácter parcial de doble enlace del enlace peptídico, el grupo peptídico es plano. Rota la molécula para resaltar la planaridad del grupo peptídico.
Debido a la rigidez del enlace peptídico, la conformación de las proteínas depende de la rotación de los enlaces N-C alfa y C alfa-C que unen dos enlaces peptídicos adyacentes y si pueden girar libremente.
El ángulo de rotación del enlace N-C alfa se denomina fi (Φ) y el del enlace C alfa-C se denomina psi (Ψ). La conformación de la cadena polipeptídica quedará perfectamente definida si se definen cada uno de sus ángulos fi y psi.
Para deteterminar el ángulo fi vamos a resaltar dicho enlace y los enlaces adyacentes en dirección amino y carboxilo terminal.
Ahora gira la molécula de modo que el carbono alfa (C*) quede ocultando el nitrógeno. El ángulo formado por los dos enlaces resaltados (entre 1 y 2) es el ángulo fi. El ángulo se considera positivo en el sentido de la agujas del reloj y negativo en caso contrario. Para este caso el ángulo fi es -137.5.
Repitamos el proceso para el ángulo psi, vamos a resaltar dicho enlace y los enlaces adyacentes en dirección amino y carboxilo terminal.
Ahora gira la molécula de modo que el carbono alfa (C*) quede ocultando el carbono del carbonilo. El ángulo formado por los dos enlaces resaltados es el ángulo psi. Para este enlace el ángulo psi es 78,2.