Modelos moleculares

subsecciones: Material didáctico Pendientes de clasificar Otros Bases de datos PDB Otras bases de datos
véase también la sección Software

Material didáctico

(pongo aquí enlaces con un claro planteamiento didáctico, dirigido a un estudio guiado de la estructura de biomoléculas)
  Tipo Comentado 2D/3D interactivo
"Biomodel", U.A. Modelos en Chime dentro de web Acompañado de texto que comenta y describe lo interesante de cada molécula
3D
sí
U.Gr. Modelos para RasMol  
3D
sí
"Estructura de macromoléculas", U.M.H. Modelos en Chime dentro de web Con botones de ayuda para el manejo de la estructura
3D
sí
RasMol y Chime en la Academia Colombiana de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales (Janneth Vásquez  y Alexander García)
  • Guías de uso de RasMol y Chime
  • Cómo utilizar RasMol para estudiar la estructura de proteínas y DNA (usando como ejemplo el complejo de DNA con factor de regulación transcripcional Gal4)
  • Scripts de RasMol para ADN, hemoglobina, insulina, aminoácidos y péptidos, quimotripsina (hay que descargarlos)
  • Scripts de Chime para proteínas e insulina
3D
Proteínas en 3D (Mª Belén Garrido Garrido. Colegio Guadalaviar, Valencia)
  • Guía para la estructura de proteínas
  • Guía de uso de Chime (didáctica, muy recomendable)
 3D sí
Moléculas animadas en IconBazaar Molecules
(aminoácidos, mono- y disacáridos, fármacos)		 Imágenes GIF animadas  
3D
no
Recursos web en IconBazaar Molecules Listado de enlaces a páginas web externas  
-
-
Molecular Models for Biochemistry, Carnegie Mellon Univ. Imágenes sobre estructuras de moléculas y macromoléculas, para Chime o RasMol. También imágenes GIF. Comentado.
Autoevaluación en la identificación de aminoácidos y nucleótidos.
2D
y
3D
  
BioNet Molecular Animations Modelos moleculares animados en formato AVI (vídeo de Windows). Varias proteínas, carbohidratos y tRNAs. Archivos grandes, de 1 a 7 Mb
no
 3D
 no
Molecules R US Enviando un código PDB se recibe una imagen de la molécula, en uno de varios formatos (PDB, Mage, GIF, Java, VRML...)
no
3D
  
Swiss-3DImage en ExPASy Imágenes de macromoléculas con estructura conocida (archivos GIF, JPEG) se destacan algunas particularidads de la estructura, como centros de unión
2D
no
Image Library of Biological Macromolecules, IMB Jena  Imágenes de la estructura de biopolímeros (formatos diversos: GIF, JPG, PDB, VRML, Chime, RasMol, Protein Explorer ...) Quizá no exhaustivo en el número de moléculas, pero la información obtenida es muy completa.
2D
no
3DPSD, A. Dobashi, Tokyo University of Pharmacy and Life Science Base de datos de estructuras tridimensionales de fármacos (Chime) Además del modelo simple, incluye otro con las conformaciones más frecuentes en una animación.
3D
sí
Glactone (Univ. Georgia) Introducción al modelado molecular y ejercicios.
Varios archivos PDB pedagógicos.
Vitaminas A y B1.
Enlaces.
Molecular Models from Chemistry at Okanagan University College Chime o Rasmol, algunos GIF Comentarios variables. Organizado por categorías. Más químico-orgánico que bioquímico, pero tiene 1400 moléculas
3D
  
Index to Kinemages by Protein Type (FASEB) Archivos para el programa Mage
3D
Internet Tutorial in Biochemistry and Biophysics: Biomolecular Structures (Örjan Hansson, Univ. Göteborg) Modelos en Chime dentro de web Acompañado de texto y pequeñas preguntas. También página de preguntas de evaluación.
3D
sí

World Index of Molecular Visualization Resources. Recopilación de sitios con material didáctico que usa modelos moleculares, buena parte de ellos con RasMol o Chime (Eric Martz y Trevor D. Kramer)

(A continuación van enlaces que no he tenido tiempo de analizar en detalle, y por ello aún no se han clasificado como "didácticos" u "otros")
Pendientes de comentario:

Molecular Visualization at Tufts University

Molecules of the Month  (Imperial College y Bristol Univ.).

PSdbView - The Protein Structure Database Viewer On-line version. Permite buscar proteínas y obtener su estructura en un PDB (usa Java y requiere Chime).  pendiente de revisar y de clasificar aquí o abajo

Otros

PSC web tools: Teclea una secuencia de nucleótidos y obtendrás el modelo molecular (Chime) de su DNA (en doble hélice A o B) o su RNA (doble hélice A) [Pittsburgh Supercomputing Center (PSC), Carnegie Mellon University, University of Pittsburgh]

Database of  Macromolecular Movements with associated tools for geometric analysis (M. Gerstein, Yale Univ.)

MolSurfer: investigación de las superficies de contacto entre macromoléculas. Utiliza WebMol. Avanzado.

Enlaces químicos, Formas moleculares y Modelos moleculares (Dres. Cavinato y Camp, Eastern Oregon University): Guía preparatoria para la construcción de modelos moleculares en el laboratorio. Es química más que bioquímica. Modelos animados [Requiere Chime], fórmulas y fotos de modelos de plástico.


 

Bases de datos de las que se pueden obtener los archivos de coordenadas moleculares (pdb)

RCSB Protein Data Bank, o PDB:

Depósito internacional unificado para el procesamiento y distribución de datos de estructura tridimensional de macromoléculas, determinados principalmente mediante cristalografía de rayos X o resonancia magnética nuclear (RMN). Hasta marzo de 1999 era responsabilidad del Brookhaven National Laboratory (BNL), ahora del Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB)
Página principal en EE.UU. (RCSB)
Duplicados (recomendable, mucho más rápidos si los tienes geográficamente más cerca):
en el Reino Unido (Cambridge Crystallographic Data Centre)
en la Argentina (Universidad Nacional de San Luis)

Nucleic Acid Database:

Bases de datos de ácidos nucleicos y de proteínas que unen DNA.
en EE.UU.
réplica en el Reino Unido (Institute of Cancer Research)

Buscadores de archivos PDB:

PDBSum: Búsqueda simple, sólo por código PDB (Reino Unido)
PDB Lite: Búsqueda simple (Boston, EE.UU.)
PDB Lite: Búsqueda simple (Cambridge, Reino Unido)
PDB Lite: Búsqueda simple (EBI, Reino Unido)
PDB SearchLite: Búsqueda por código PDB, palabra clave, autor...
OCA Browser: Búsqueda avanzada (EBI, Reino Unido). Varias réplicas, entre ellas en Argentina
Protein Explorer (EBI, Reino Unido; réplicas en Univ. California en San Diego, USA y Univ. Massachussetts, USA): este programa de visualización y análisis interactivo permite estudiar la estructura de la molécula (de forma similar a lo que se puede hacer con páginas web que usan Chime). Se ha integrado con el buscador de pdb.
PDB at a Glance: clasificados por tipo de molécula (ej.: antibióticos, proteínas ligantes de calcio, proteínas de la coagulación sanguínea...)

Otras bases de datos

Entrez: búsqueda en las bases de datos de NCBI: secuencias, estructuras, información de genes, mutaciones, publicaciones...

ExPASy: buscador en las base de datos SWISS-PROT y TrEMBL: secuencias y estructuras

Klotho -  Biochemical Compounds Declarative Database: Base de datos de moléculas pequeñas. Introducción. Listado alfabético.

Enzyme Structures Database: estructuras de enzimas incluidas en la base de datos PDB. Entrada por número E.C. o por código PDB.

Moléculas pequeñas (en formato .MOL) del Programa Nacional de Toxicología de los EE.UU.